連體馬桶按結構分可分為分體馬桶和連體馬桶兩種，在選擇分體馬桶還是連體馬桶時，主要看衛生間空間的大小。一般的，分體馬桶所占空間大些，連體馬桶所占空間要小些。另外，分體馬桶外形要顯得傳統些，價格也相對便宜，連體馬桶要顯得新穎高檔些，價格相對較高。

按下水方式可分為“沖落式”、“虹吸沖落式”和“虹吸漩渦式”等。沖落式及虹吸沖落式注水量約6升左右，排污能力強，只是沖水時聲音大；而漩渦式一次用水量大，但有良好的靜音效果。消費者不妨試試直沖虹吸式馬桶，直沖虹吸式馬桶，它兼有直沖、虹吸兩者的優點，既能迅速沖洗污物，也可起到節水的作用。一般橫排的選擇沖落式，它是借助沖洗水的沖力直接將污物排出；底排的選擇虹吸式排水，它的原理就是借沖洗水在排污管內形成虹吸作用，將污物排出，這種沖水方式要求用水量必須達到規定的數量才能形成有效的虹吸作用。

沖落式沖水聲音較大，沖力也較大，多數蹲便器采用這種方式；虹吸式與沖分體馬桶落式相比，沖水聲音要小得多。虹吸式還可分為普通虹吸和靜音虹吸，普通虹吸也叫噴射虹吸，馬桶的噴水孔在下水管道底部，噴水孔正對著排水口；靜音虹吸又叫旋渦虹吸，它與普通虹吸的主要區別是噴水口不是正對排水口，有的是與排水口并列，有的是從馬桶上部四周出水，達到規定水量形成旋渦然后排出污物。現在市場上出售的多數為虹吸式的馬桶。